Abierto al público en 1964, el museo se aloja en el edificio de la época virreinal qué albergó los colegios jesuitas de San Martín y San Francisco Javier. Se levanta en un terreno de más de 60 OOO m2, conserva de aquella época las dependencias que usó la comunidad, construidas y decoradas entre 1604 y 1767. Asimismo, exhibe obras novohispanas de gran valor artístico e histórico procedentes en su mayor parte del que fuera el Museo de Arte Religioso de la Catedral de México. El museo cumple así un doble objetivo: mostrar la historia de su importante sede e ilustrar los tres siglos del México virreinal.